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O Setor é responsável por coordenar as ações de Vigilância Epidemiológica; manter atualizado o conhecimento da situação epidemiológica das doenças e dos fatores que as condicionam; conhecer e prever a evolução do comportamento epidemiológico mediante a análise contínua dos dados de morbimortalidade; propor e reformular normas relativas às doenças submetidas à Vigilância Epidemiológica; supervisionar, continuamente, as ações desenvolvidas pelo município; assumir, quando necessário, o controle operativo de situações epidêmicas, quer de doenças de notificação compulsória, quer de agravos inusitados à saúde e coordenar as campanhas de vacinação.